同志社大学留学生别科（日本语教育中心）是1999年4月开设的。它是对以同志社大学为首的日本国内大学和研究生院升学作为目标的外国人（自费留学生）、从交流协定校派来的交换留学生等进行日语教育，同时使之对日本文化有更深的了解作为目的而开设的。2007年4月开始，留学生别科进行改组，成立「日本语・日本文化教育中心」，其特点为作为留学生别科课程与以往一样进行的细致指导。

修业年限为1年，由于采用2学期制，所以春学期（4月-9月）、秋学期（9月-来年3月）的任何一个学期，教学计划都可以开始。

按水平分阶段学习。学习日本文化，了解日本社会。

日语科目是按照各人的日语能力分编成8个班进行教学，这样能因材施教，按照相应的技能水平可以提高学生的实力。星期一到星期五上午为上日语课时间。
下午主要是开设日语和英语的授课，内容是关于日本文化、日本社会的事情科目以及日语、英语演习科目。

在京都的中心触碰日本文化。

留学生别科所在的今出川校区位于京都御所的旁边，属于京都的中心地带。在平常的课程里以及课外活动中，倚借拥有1200年历史和传统文化的古都的天时地利，为学生提供了可以学习和体验书道、花道（插花）、茶道、和服的试穿、传统工艺的参观、墨绘、琴的实习、日本料理的实习、传统仪式、节日等各种各样的方式接触日本传统文化的机会。

新制定同志社大学升学的推荐制度。

从2005年开始，新制定了从留学生别科推荐到同志社大学的文学部、社会学部、经济学部、商学部、政策学部、工学部的推荐制度。这为来我校入学开辟了新途径，是一个很大的飞跃。2006年开始，政策学部也将开始实施此项制度。
另外，从2008年度开始，美国研究科、2008年度设立申请手续正在办理中的生命医科学部、体育健康科学部也预定实施此制度。除此之外，随着2008年度改组重编，工学部从2008年度开始名称将变更为理工学部（申请手续正在办理中）。